ทีมวิจัยวิจารณ์ว่าการรับรองเกษตรอินทรีย์ส่วนใหญ่มุ่งเน้นไปที่การห้ามสารเคมีเกษตรสังเคราะห์ สิ่งนี้นำไปสู่ผลประโยชน์ที่จำกัดสำหรับความหลากหลายทางชีวภาพ แต่ทำให้สูญเสียผลผลิตสูง แม้ว่าการเกษตรจะเข้มข้นและเชี่ยวชาญมากขึ้นก็ตาม "พื้นที่เพาะปลูกภายใต้การรับรองเกษตรอินทรีย์มีสปีชีส์เพิ่มขึ้นหนึ่งในสาม แต่ไม่ถึงระดับผลผลิตของการเพาะปลูกแบบดั้งเดิม ซึ่งหมายความว่าจำเป็นต้องมีพื้นที่มากขึ้นเพื่อให้ได้ผลผลิตเท่าเดิม" ศาสตราจารย์ Teja Tscharntke กลุ่มเกษตรนิเวศวิทยาแห่งมหาวิทยาลัย Göttingen อธิบาย . อย่างไรก็ตาม เนื่องจากต้องการพื้นที่ขนาดใหญ่ขึ้น ข้อได้เปรียบด้านความหลากหลายทางชีวภาพจึงหายไป นอกจากนี้ ยังเป็นตำนานที่ว่าการทำเกษตรอินทรีย์ไม่เคยใช้ยาฆ่าแมลง "สารกำจัดศัตรูพืชได้รับอนุญาตตราบเท่าที่ถือว่าเป็นธรรมชาติ ตัวอย่างเช่น องุ่น สวนผลไม้ และผักต่างๆ ถูกฉีดพ่นอย่างกว้างขวางและซ้ำๆ ส่วนใหญ่มีผลิตภัณฑ์จากทองแดง แม้ว่าผลิตภัณฑ์เหล่านี้จะสะสมอยู่ในดินก็ตาม" Tscharntke กล่าว "นอกจากนี้ การทำเกษตรอินทรีย์จำนวนมากยังห่างไกลจากอุดมคติในช่วงปีแรก ๆ การทำเกษตรอินทรีย์ไม่ได้ทำในฟาร์มครอบครัวที่งดงามเสมอไป การปลูกพืชเชิงเดี่ยวอินทรีย์มักมีขนาดใกล้เคียงกับฟาร์มทั่วไป และผักมักปลูกใต้กระจกซึ่งทำลายความหลากหลายทางชีวภาพ" ในภูมิภาคเมดิเตอร์เรเนียน การคลุมพืชผลด้วยแผ่นพลาสติกสำหรับปลูกผักกำลังทำลายภูมิทัศน์ทั้งหมด แต่สัดส่วนการทำฟาร์มที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ที่นี่ก็ประสบความสำเร็จไม่น้อย การรับรองเกษตรอินทรีย์ การทำเกษตรอินทรีย์ไม่ได้ทำในฟาร์มครอบครัวที่งดงามเสมอไป การปลูกพืชเชิงเดี่ยวอินทรีย์มักมีขนาดใกล้เคียงกับฟาร์มทั่วไป และผักมักปลูกใต้กระจกซึ่งทำลายความหลากหลายทางชีวภาพ" ในภูมิภาคเมดิเตอร์เรเนียน การคลุมพืชผลด้วยแผ่นพลาสติกสำหรับปลูกผักกำลังทำลายภูมิทัศน์ทั้งหมด แต่สัดส่วนการทำฟาร์มที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ที่นี่ก็ประสบความสำเร็จไม่น้อย การรับรองเกษตรอินทรีย์ การทำเกษตรอินทรีย์ไม่ได้ทำในฟาร์มครอบครัวที่งดงามเสมอไป การปลูกพืชเชิงเดี่ยวอินทรีย์มักมีขนาดใกล้เคียงกับฟาร์มทั่วไป และผักมักปลูกใต้กระจกซึ่งทำลายความหลากหลายทางชีวภาพ" ในภูมิภาคเมดิเตอร์เรเนียน การคลุมพืชผลด้วยแผ่นพลาสติกสำหรับปลูกผักกำลังทำลายภูมิทัศน์ทั้งหมด แต่สัดส่วนการทำฟาร์มที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ที่นี่ก็ประสบความสำเร็จไม่น้อย การรับรองเกษตรอินทรีย์ "ภูมิประเทศที่มีความหลากหลายของพืชผลสูง ทุ่งเล็กๆ และแหล่งที่อยู่อาศัยใกล้ธรรมชาติอย่างน้อยหนึ่งในห้าสามารถส่งเสริมความหลากหลายทางชีวภาพได้มากกว่าการรับรองเกษตรอินทรีย์" นักเกษตรนิเวศเน้นย้ำ "ภูมิทัศน์ที่มีทุ่งเล็ก ๆ และขอบยาวมีสายพันธุ์มากกว่าภูมิประเทศที่มีทุ่งกว้างหลายเท่า และมีความเป็นไปได้เท่าเทียมกันทั้งในเกษตรอินทรีย์และเกษตรทั่วไป" ตัวอย่างเช่น เขากล่าวถึงภูมิประเทศที่มีทุ่งนาขนาด 1 เฮกตาร์แทนที่จะเป็น 6 เฮกตาร์: "พื้นที่เหล่านี้สามารถเป็นที่อยู่อาศัยของพืชและแมลงมากกว่าหกชนิด ความหลากหลายในการเพาะปลูกยังสามารถเพิ่มจำนวนชนิดพันธุ์และเพิ่มการควบคุมศัตรูพืชทางชีวภาพได้อย่างมาก เช่นเดียวกับ การผสมเกสรสำเร็จ"