แม้ว่าฟันผุในระยะแรกจะพอรักษาได้ แต่ระยะลุกลามอาจนำไปสู่การสูญเสียฟันพร้อมกับภาวะแทรกซ้อนอื่นๆ มากมาย หลักการพื้นฐานสำหรับการรักษาฟันผุจึงเป็นการระบุปัญหาตั้งแต่เนิ่นๆ เมื่อยังสามารถรักษาฟันได้ ตัวอย่างเช่น ในระยะแรกๆ ของฟันผุ การทาฟลูออไรด์วานิชอย่างง่ายลงบนบริเวณที่มีอาการอาจเพียงพอที่จะรักษาสภาพดังกล่าวได้ โรคฟันผุ นอกจากนี้ยังสามารถใช้มาตรการการดำเนินชีวิตที่สามารถป้องกันการสลายตัวเพิ่มเติม ในขั้นที่สูงขึ้น ซึ่งฟันผุได้ก่อตัวขึ้น การผุจะถูกเอาออกและอาจอุดฟันด้วยการอุดฟันหรือครอบฟัน ในรายที่เส้นประสาทด้านในถูกเปิดออกจนทำให้เกิดอาการปวดอย่างรุนแรงแนะนำให้รักษารากฟัน ฟันที่เสียหายมากเกินไปอาจต้องผ่าตัดหรือถอนออก