ใน ระยะที่ 2 ปฏิกิริยาลูกโซ่ที่เรียกว่าไกลโคไลซิส จะแปลง กลูโคสแต่ละโมเลกุลให้เป็นไพรูเวตที่มีขนาดเล็กกว่า 2 โมเลกุล น้ำตาลอื่นที่ไม่ใช่กลูโคสจะถูกแปลงไปเป็นไพรูเวตในทำนองเดียวกัน หลังจากที่เปลี่ยนเป็นน้ำตาลตัวกลางตัวใดตัวหนึ่งในวิถีไกลโคไลติกนี้ ในระหว่างการก่อตัวของไพรูเวต จะมีการผลิตโมเลกุล ตัวพาที่ถูกกระตุ้นสองประเภทได้แก่ ATP และ NADH จากนั้นไพรูเวตจะผ่านจากไซโตโซลเข้าสู่ไมโตคอนเดรีย ที่นั่น โมเลกุลไพรูเวตแต่ละโมเลกุลจะถูกแปลงเป็น CO 2 บวกกับหมู่คาร์บอน อะซิติล 2 หมู่ ซึ่งจะเกาะติดกับโคเอ็นไซม์ A (CoA) ทำให้เกิดเป็นacetyl CoA, โมเลกุลพาหะที่ถูกกระตุ้นอีกโมเลกุลหนึ่ง (ดูรูปที่ 2-62 ) นอกจากนี้ Acetyl CoA จำนวนมากยังผลิตโดยการสลายตัวและออกซิเดชันของกรดไขมันที่ได้จากไขมันแบบขั้นตอนซึ่งถูกขนส่งในกระแสเลือด นำเข้าสู่เซลล์ในรูปแบบกรดไขมัน จากนั้นจึงย้ายไปยังไมโตคอนเดรียเพื่อผลิตอะซิติล CoA ขั้นที่ 3 ของการสลายโมเลกุลอาหารด้วย ทวีปเอเชีย ออกซิเดชันเกิดขึ้นทั้งหมดในไมโตคอนเดรีย หมู่อะซิติลในอะซิติลโคเอเชื่อมโยงกับโคเอ็นไซม์เอ ผ่าน การเชื่อมโยงพลังงานสูงจึงสามารถถ่ายโอนไปยังโมเลกุลอื่นได้อย่างง่ายดาย หลังจากถ่ายโอนไปยัง โมเลกุล oxaloacetate คาร์บอนสี่โมเลกุล กลุ่มอะซิติลจะเข้าสู่ปฏิกิริยาชุดหนึ่งที่เรียกว่าวงจรกรดซิตริก ตามที่เราจะพูดคุยกันเร็วๆ นี้ หมู่อะซิทิลจะถูกออกซิไดซ์เป็น CO 2ในปฏิกิริยาเหล่านี้ และเกิด NADH ตัวพาอิเล็กตรอน จำนวนมาก ในที่สุด อิเล็กตรอนพลังงานสูงจาก NADH จะถูกส่งผ่านไปตามห่วงโซ่การขนส่งอิเล็กตรอนภายในเยื่อหุ้มชั้นใน ของไมโตคอน เดรีย ซึ่งพลังงานที่ปล่อยออกมาจากการถ่ายโอนจะถูกนำมาใช้เพื่อขับเคลื่อนกระบวนการที่สร้าง ATP และใช้ออกซิเจนโมเลกุล (O 2 ) ในขั้นตอนสุดท้ายนี้พลังงานส่วนใหญ่ที่ปล่อยออกมาจากปฏิกิริยาออกซิเดชันจะถูกควบคุมเพื่อผลิต ATP ส่วนใหญ่ของเซลล์